Non sappiamo ancora cosa sia successo a Pantalica dopo l’VIII secolo a.C., quando ogni traccia del villaggio preistorico scomparve, forse a causa di una guerra per la fondazione della città di Siracusa.
Il sito è stato nuovamente abitato, molti secoli dopo, in due momenti della storia: intorno al VI secolo d.C., nel periodo bizantino, e nel IX secolo d.C., durante le incursioni islamiche in Sicilia.
In questa fase molte delle camere funerarie che erano state scavate nella roccia, furono ingrandite e utilizzate come abitazioni o come chiese.
Nacquero nuovi villaggi. Il primo si trovava a ridosso della necròpoli Cavetta e contava circa settanta case distribuite intorno all’oratorio del Crocifisso mentre il secondo nasceva nelle balze al di sotto dell’Anaktoron e aveva come centro religioso l’oratorio di san Nicolicchio.
Il più grande di questi villaggi si trovava, infine, fra la necròpoli sud e la Sella di Filiporto ed era composto da più di 150 abitazioni e da una chiesetta dedicata a San Micidiario.
