Figura comune nei miti greci e romani, Marsia è identificato come un sileno, forse un satiro, protettore delle acque delle sorgenti e dei fiumi. La storia mitologica è legata alla celebre sfida con Apollo e le sue gesta sono state cantate da Ovidio nelle Metamorfosi.
Si narra che Marsia avesse raccolto un flato gettato nel fiume dalla dea Atena, perché derisa nel suonare lo strumento, per il gonfiore causato alle sue gote.
Marsia divenne un eccelso suonatore dello strumento, vagando pe campi e boschi, incantando tutti con il suo strumento. La sua fama infastidì il dio Apollo, per timore di avere insidiato il suo primato, che lo sfidò ad un confronto suonando lui la cetra e Marsia il flauto.
Le Muse, chiamate a giudicare il vincitore, stabilirono il pareggio fra i due.
La nuova sfida lanciata da Apollo fu quella di cantare e suonare in contemporanea, cosa che decretò chiaramente la sconfitta di Marsia e la vittoria di Apollo che, per punirlo, lo fece legare ad un albero e scorticare vivo da uno schiavo scita, avverandosi così la maledizione di Atena contro colui che aveva raccolto il flauto.
