La chiesa di Santa Maria delle Grazie, denominata oggi Cripta, è una chiesetta preceduta da un nartece, posta in corrispondenza della Cappella Palatina e orientata, come le chiese bizantine verso il sole che sorge. Potrebbe risalire alla prima fase normanna, subito dopo la conquista. Non è inusuale pensare che, subito dopo la conquista, i normanni dotarono l’antico Palazzo dell’Emiro, di una chiesetta per svolgere le funzioni religiose. Dedicata inizialmente a Santa Maria di Gerusalemme, si compone di un ambiente con pianta triabsidata, diviso in tre piccole navate da due colonne di spoglio tardo antiche. La copertura è con volte a crociera a sesto ogivale, due per ogni navata.
La chiesetta contiene anche un sacello antistante, in passato camera sepolcrale di Guglielmo I, e ambulacri che circondano il perimetro dell’edificio. Dopo la morte nel 1166, prima di essere poi traslato a Monreale, Guglielmo I fu temporaneamente deposto in questo ambiente con volte a botte ricavato in corrispondenza della navata centrale.
L’altare maggiore, policromo e di marmi mischi, sormontata da putti festanti e colonnine in fusto lisce, custodisce al centro un’icona con la Vergine con Bambino probabilmente risalente al ‘600. Tra l’abside e la protesi era affrescata la Madonna Odigitria, adesso trasferita su tela. La preziosa icona bizantina è testimonianza degli affreschi che decorava la chiesetta, oggi visibile anche tramite alcune croci dipinte in rosso sui conci dei piedritti di alcune arcate.
