La trasformazione interessò anche le cappelle e le navate laterali con lo spostamento di alcuni ambienti e in particolare l’avanzamento del
portico meridionale
di circa cinque metri verso il piazzale; sulle navate laterali furono collocati cupolini per dare luce all’interno della chiesa, al posto delle originarie finestre scomparse nel nuovo assetto della fabbrica. Furono eliminate le lastre e tombali del pavimento reimpiegate capovolte come rivestimento della zoccolatura dei pilastri.
Il fervore illuministico ebbe il suo spazio con la creazione di una
meridiana
,
per volontà dell’arcivescovo
Filippo Lopez y Royo
, che al “pubblico comodo servisse, ed insieme fosse ornamento al Duomo”, con la finalità di abituare i cittadini alla
misura del tempo, secondo il nuovo metodo all’europea
. Il compito fu affidato nel 1794 a
Giuseppe Piazzi
, allora Professore all’Università di Palermo e Direttore dell’
Osservatorio Astronomico nel Palazzo Reale
. La meridiana fu collocata all’interno della chiesa, nella zona terminale della navata centrale, verso il transetto, tutt’ora visibile e funzionante, riceve la luce da un foro orientato, inserito in uno dei cupolini, posti al di sopra della navata laterale destra.
Altra importante modifica riguardò la nuova sistemazione delle
tombe reali
, spostate dalla loro posizione originaria, nello spazio destro del
Titulo
del
Grande Presbiterio
, raggruppate in una nuova grande cappella costruita all’inizio della navata laterale destra. Le
tombe dei vescovi
furono, invece spostati e collocati nella cosiddetta
cripta
.La riapertura al culto della cattedrale, dopo i restauri, avvenne per la
festa del Corpus Domini
, il 4 giugno 1801; dopo le ultime decorazioni, nello stesso giorno: il 4 giugno 1815 si celebrò la solenne consacrazione del tempio. L’assetto così definito è rimasto fino ai giorni nostri.