Ferdinando d’Acuňa nacque a Madrid nel 1453 dalla famiglia di conti di Buendia, originari della regione spagnola di Castiglia.
Nel 1488, a soli trentacinque anni, d’Acuňa venne nominato governatore della Sicilia dal re di Spagna Ferdinando il cattolico. Si dimostrò un ottimo amministratore, i sudditi rimasero soddisfatti della politica messa in atto: come prima azione processò il suo predecessore, odiatissimo per la pessima amministrazione; inoltre, comprese perfettamente il suo ruolo: fare da mediatore tra le esigenze dei siciliani e il sovrano spagnolo.