L’organo della chiesa, collocato nell’àbside dell’altare maggiore, insieme al coro ligneo minuziosamente intarsiato, crea una spettacolare quinta scenica.
È uno strumento monumentale, una grande macchina scenografica realizzata dall’artista Donato del Piano, il quale lavorò 12 anni su di essa modificando più volte il progetto su richiesta dei monaci benedettini.
Il complicato organo conta 2378 canne in legno e lega di stagno, sei mantici, settantadue registri e cinque tastiere.
Era in grado di riprodurre il suono di qualsiasi strumento musicale.