All’interno della chiesa lo sguardo è catturato dall’apparato decorativo, unico elemento di colore insieme al pavimento bicromo, nel candido spazio sacro. L’altare maggiore che occupa maestoso l’
àbside
frontale, è dedicato a Sant’Agata, affiancata da due putti.
La statua, realizzata in stucco marmoreo, una tecnica pittorica che imita il marmo, è ritratta in atteggiamento estatico, con gli occhi rivolti al cielo. Gli altri quattro altari, realizzati da
Giovan Battista Marino
, sono dedicati al martire Sant’Euplio, concittadino di Sant’Agata, a San Benedetto, a San Giuseppe con il Bambino e all’Immacolata Concezione.
La presenza degli altari è affiancata ad alcune altre opere di altissimo valore artistico, evocativo e simbolico. Tra queste, il crocifisso ligneo di Ignazio Carnazza realizzato nel 1696.
L’opera poggia su uno sfondo di marmo giallo da cui prosegue, verso il basso, una decorazione in marmo rosso raffigurante un drappo di stoffa con frange e fiocchi.
Questo elemento, sebbene sia costituito da una pietra dura e fredda, assume un aspetto tale da risultare realistico, agli occhi di chi lo guarda, soffice e movimentato. L’opera fu commissionata dalla badessa in carica Giuseppa Maria Scammacca. Al di sotto di essa è collocata la “grata delle professioni” delle monache, opera dei fratelli Bonaventura.