Alla fine del VI secolo d.C., il vescovo Gregorio decise di consacrare il tempio della Concordia al culto cristiano. Nel 597 d.C., quindi, il tempio fu trasformato in una chiesa dedicata ai santi Pietro e Paolo.
Questo cambio di destinazione fu una fortuna per il tempio, che così fu sottratto alla triste sorte di diventare una cava di materiali da reimpiego per la costruzione di nuovi edifici nel territorio circostante, come invece accadde al Tempio di Zeus Olimpio. Per trasformare l’edificio in chiesa cristiana si dovettero apportare, comunque, numerose modifiche che trasformarono notevolmente il suo aspetto. Innanzitutto, poiché le chiese sono tutte orientate verso ovest, mentre i templi a est, fu abbattuta la parete dell’
opistodomo
per creare la navata centrale. Inoltre, gli spazi aperti tra le colonne furono chiusi, e nelle pareti della cella furono aperti sei archi per lato visibili ancora oggi, anche dall’esterno. Il tempio, divenuto ormai luogo di culto cristiano, smise di svolgere le sue funzioni religiose nel 1748, quando si decise di farlo tornare alla sua forma originaria: gli spazi tra le colonne vennero riaperti e la parete del prònao ricostruita.
La fede cristiana è ancora molto sentita ad Agrigento, dove si celebrano due importanti eventi religiosi: la
festa di San Calogero
, il santo più adorato, e la
festa di San Gerlando
, patrono della città.