Durante i lavori di riconfigurazione delle Cattedrale di Palermo, attuati sul finire del XVIII secolo, secondo il progetto di Ferdinando Fuga, anche l’interno subì alcune modifiche: furono aggiunte la cupola e le cappelle laterali sormontate da cupolette. Nelle prime due cappelle della navata meridionale furono sistemati i sarcofagi reali e imperiali del periodo normanno-svevo: in particolare le spoglie di Ruggero II, Costanza d’Altavilla, Enrico VI, Federico II e Costanza d’Aragona. Proseguendo nella navata meridionale si susseguono: la cappella della Madonna della Lettera; la cappella di Sant’Ignazio; la cappella del Beato Pietro Geremia; la Cappella delle Sacre Reliquie; la cappella di San Francesco di Paola; l’Altare dell’Assunta e la Cappella che ospita l’urna a reliquiario in cui è custodito il corpo della patrona Santa Rosalia.
Nella navata settentrionale si susseguono: il Battistero; la cappella della Madonna degli Angeli; la cappella di Sant’Antonio da Padova; la cappella di Santa Cristina; la Cappella dell’Immacolata Concezione, contente anche un ricordo di Don Pino Puglisi; la cappella di San Pietro e Sant’Agata; la cappella della Madonna che libera gli infermi; la cappella del Crocifisso e successivamente quella del Santissimo Sacramento.
