Nato a Valencia nel 1446, Giovanni Borgia, dopo aver iniziato la sua carriera politica in Spagna, nel 1480 fu chiamato in Italia dallo zio e, tra anni dopo, divenne arcivescovo di Monreale e in seguito vescovo.
Stretto collaboratore di papa Alessandro VI fu anche vescovo di Ferrara.
Nel 1503, anno della sua morte, fu eletto patriarca titolare di Costantinopoli.
