La storia del monastero è strettamente legata al suo passato archeologico, soprattutto, grazie al sito su cui esso sorge. Nel corso dei secoli i monaci hanno raggruppato una collezione molto preziosa. Fino a pochi decenni fa, essa era allestita all’interno delle cinque sale collegate alla biblioteca dove i reperti erano suddivisi per tipologia tra naturalia e artificialia: i primi erano oggetti creati dalla natura, i secondi creati dall’uomo.
Le stanze custodivano collezioni di vasi antichi e terrecotte etrusche o greco-sicule: oggetti in bronzo, antiche armature, marmi e molto altro. Tutto questo materiale archeologico è oggi custodito nelle sale e depositi del Museo Civico di Castello Ursino, insieme a un buon numero di pregiate pitture provenienti dal monastero.
