Un dettaglio di grande interesse è la splendida meridiana che si sviluppa lungo la fascia marmorea di quaranta metri che corre lungo il transetto tra le cappelle di San Benedetto e San Nicola di Bari.
Fu realizzata fra il 1839 e il 1841 dai due astronomi, W. S. von Walterhausen e il danese C. Peters, ed è considerato uno strumento di misurazione di straordinaria precisione.
Essa funziona grazie alla luce che passa attraverso lo gnomone, il foro sulla volta del transetto collocato a 23 metri, 91 centimetri e 7 millimetri di altezza, e segna le ore, giorni, mesi e i segni zodiacali.