Sulle pareti della Grotta Fragapane furono scavati sia loculi, vani murari rettangolari dedicati a una sola sepoltura, che arcosòli, vani sepolcrali incassati nella parete e sormontati da una nicchia; in alcune nicchie si vedono ancora le tracce delle decorazioni parietali che adornavano gli ambienti con motivi floreali e a festoni.
Alcune tombe furono ricavate persino sui pavimenti delle gallerie, testimonianza di un’intensiva occupazione degli spazi funerari.