Il Castello Eurialo fa da sfondo anche ad episodi più recenti.
Durante la Seconda Guerra mondiale, nel 1941, fu necessario trasformare le gallerie sotterranee del Castello in un rifugio, per proteggere dai bombardamenti le collezioni archeologiche del museo Paolo Orsi.
Numerosi carri trasportarono le casse contenenti i reperti archeologici del Museo che furono poi portati a spalla nelle gallerie del Castello.
Lo stesso destino in quel periodo, toccò anche ad altre collezioni di opere d’arte e reperti archeologici, mentre numerosi complessi sotterranei della città furono trasformati in rifugi antiaerei.
