Nella parte finale del transetto furono realizzate due cappelle: una dedicata al santo fondatore dell’ordine di San Benedetto, l’altra a colui a cui fu dedicata la chiesa, San Nicolò.
La prima ha un altare verde sul quale è posizionata un’opera dell’artista laziale Antonino Cavallucci: il sacrificio di Placido e Mauro a Benedetto.
A destra di questa, realizzata dallo stesso artista, si trova San Benedetto nel deserto e sul lato sinistro San Germano vescovo di Capua che sale in cielo, di Niccolò La Piccola.
La cappella opposta è dedicata a San Nicolò di Bari; sull’altare si trova il Miracolo del santo che risuscita i bambini.
