L’influenza degli schemi planimetrici benedettini-cluniacensi, riconducibili alla seconda abbazia di Cluny, ben presto arrivò in Sicilia, con modelli visibili sia nel Duomo di Catania che a Cefalù.
Nella seconda ricostruzione dell’abbazia di Cluny, consacrata nel 981, fu progettato un coro con navatelle e deambulatorio e fu dato rilievo al presbiterio che, oltre a essere di vaste dimensioni, presentava due absidi sul transetto. L’interno era invece a tre navate con pianta longitudinale e sette campate.
Attualmente è visibile e conosciuta soltanto tramite le risultanze degli scavi archeologici (si ricordano quelli di Conant nel 1968) perché nel 1118 fu demolita e gli ultimi resti scomparvero nel XVIII secolo.
Comunque, credendola poco spaziosa per contenere tutti i fedeli, l’abate Ugo aveva iniziato un terzo progetto più ampio dell’abbazia nel 1088.
A causa di questa terza ricostruzione, denominata Cluny III, l’abbazia andò incontro a notevoli difficoltà economiche che la portarono, dal XIII secolo, al declino.
Oggi rimane pochissimo delle strutture originali.
