I primi nuclei di popolazioni erano presenti a Filicudi, così come nelle altre sei isole, già dal neolitico superiore, circa 5000 anni fa. Gli scavi, abbastanza recenti, effettuati a Capo Graziano, hanno messo in luce una ventina di capanne dalla forma ovale, alcune delle quali con struttura a “spina di pesce”, poste su un promontorio del versante occidentale della montagnola a circa 100 metri sopra il livello del mare. Queste costruzioni erano realizzate in questo modo per meglio difendersi dai frequenti attacchi e dalle violente incursioni a cui era soggetta l’isola.
Sul punto più alto di Capo Graziano campeggia, infine, l’antico altare sacrificale di questi antichi popoli.
Oltre la parte emersa, Capo Graziano custodisce nei suoi fondali marini millenni di storia, tanto da permettere la creazione di un museo sottomarino accessibile solo ai sub più esperti e in possesso di un brevetto avanzato. Sono ben nove i relitti adagiati nel fondo di Capo Graziano a causa dei naufragi dovuti alla secca qui presente. Sono diversi i percorsi che permettono ai subacquei e agli amanti della cultura di ammirare le meraviglie che il fondale custodisce.
Si può scendere fino ad una profondità massima di 45 metri, punto dal quale si può ammirare il relitto A, di età greca, che risale a circa 2100 anni fa. E, sempre dallo stesso punto, si può scorgere il relitto G, ancora oggi quasi interamente insabbiato, risalente a 2500 anni fa. Oltre i relitti, nel fondale di Capo Graziano, si possono ammirare numerose
anfore
, vasellame e corredi.
Parte di questi reperti archeologici è conservata nella sede del museo filicudaro di Bernabò Brea, diviso in cinque aree espositive e situato a Filicudi Porto in una caratteristica abitazione eoliana.