Panarea fu abitata già in epoca preistorica, come testimoniato dal villaggio dell’età del Bronzo, risalente al XIV secolo a.C., sul promontorio di Punta Milazzese, nella parte sud-ovest dell’isola.
La particolare posizione del pianoro, proteso verso il mare e protetto da alte pareti a dirupo – dunque facilmente difendibile – ne fece un luogo ideale per l’insediamento.
Nel villaggio, di cui sono visibili e visitabili i resti di una ventina di capanne, sono stati ritrovati materiali d’origine micenea, a testimonianza del ruolo svolto, anche in antichità, dall’arcipelago eoliano, al centro delle principali rotte commerciali del Mediterraneo.
Per il resto, Panarea condivide la storia delle altre isole Eolie ed in particolare di Lipari.
Abitate fin dal neolitico, nel periodo fra il VII e il VI secolo a.C., le isole furono preda di continue scorrerie da parte degli etruschi, fino alla colonizzazione greca.
Nel 264 a.C. Lipari si alleò con i Cartaginesi e le isole furono sottoposte ai continui attacchi della flotta romana. Nel 252 a.C. Lipari e le sue isole passarono sotto il dominio romano.
Ne sono anche prova i resti di una villa romana, costruita sulla sommità difficilmente accessibile dell’isolotto di Basiluzzo, proprietà di un eccentrico possidente romano.
Egli era evidentemente amante dell’asprezza e bellezza dei panorami panarellesi.
Con la caduta dell’Impero Romano iniziò un periodo di decadenza che aumentò con la dominazione bizantina e divenne ancor più rapida con l’inizio dell’occupazione araba tra il 827 e il 1061.
Con l’avvento dei Normanni ricominciò lo sviluppo economico e demografico delle isole.
A metà del 1500 infatti i musulmani ricominciarono a insidiare le isole; e ne resta traccia, nella toponomastica isolana, la baia e relativa contrada di Drautto, dal nome del pirata Drauth.
Per le scorrerie della pirateria turca l’isola rimase pressoché disabitata; gli abitanti, infatti, non superavano il centinaio.
Verso la fine del XVII secolo i contadini di Lipari ripresero a coltivarla senza portarvici però donne e bambini, per via del pericolo delle scorrerie piratesche.
È significativo come sopra il villaggio preistorico di Cala Junco esista il “Castello del Salvamento” che, nella toponomastica eoliana, il nome “castello” sta per pinnacolo roccioso di notevole altezza.
Esso veniva usato appunto come provvidenziale rifugio degli abitanti durante queste incursioni.
In seguito, con il miglioramento della situazione politica nelle isole, la popolazione di Panarea aumentò sino a circa mille persone.
Ma alla fine dell’ ‘800 diminuì nuovamente per via dell’emigrazione verso Stati Uniti, Sud America e Australia. Ai giorni nostri la popolazione, nel periodo invernale, conta circa 200 abitanti stabili, che aumentano nella stagione estiva.