Già prima della sua incoronazione, Ruggero II si recò a Bagnara, presso l’Abbazia di S. Maria e dei XII apostoli, per sottoporre la
Diocesi di Cefalù
al controllo dei
canonici agostiniani
, l’ordine favorito dal re e il più potente tra gli ordini monastici latini non benedettini.
Le comunità di questi ultimi, presenti nell’isola si costituivano sotto forma di colonie o erano, direttamente, dipendenti dalle quattro grandi abbazie erette dagli Altavilla: Lipari – Patti, Catania, S. Giovanni degli Eremiti e Monreale.
Tuttavia, i monasteri latini erano piuttosto esigui sulle coste siciliane poste a sud e a ovest, soprattutto nel periodo iniziale, nel quale le abbazie basiliane di S.Giorgio, Triocala, S.Michele di Mazara e S.Maria di Mazara, avevano un predominio incontestabile. In questi luoghi, la presenza musulmana fu per molto tempo attiva e non venne influenzata da agenti latinizzanti.
A differenza di quanto accadeva in Europa, in cui le abbazie dei sovrani non sovrastavano quelle dei signori feudali, in Sicilia si verificò il contrario, sebbene la fedeltà dei monasteri costituisse un legame imprescindibile a cui i regnanti ambivano.
Il re, in qualità di legato papale ereditario, aveva il diretto controllo relativo alle nomine di abati e vescovi oltre che delle istituzioni religiose presenti nell’isola, questo per dare un maggiore impulso alla diffusione della Chiesa cristiana d’Occidente.