Quattro sarcofagi sono collocati in corrispondenti aree della cappella, quelli di Ruggero II e di
Costanza d’Altavilla
in secondo piano, i monumenti funebri di Federico II e di Enrico VI in prima posizione. Il primo Re di Sicilia riposa in un sepolcro a cassa rettangolare, rivestita da lastre di porfido rosso con coperchio a spioventi e sorretta da un gruppo scultoreo composto da quattro figure maschili.
La regina e imperatrice Costanza d’Altavilla giace in un sarcofago in porfido rosso, dove è collocato l’epitaffio “Romanorum imperatrix, semper augusta et regina Siciliae”. Entrambi i sarcofagi sono sormontati da baldacchini di marmo, quelli relativi a Ruggero II e Costanza di Altavilla sono in marmo bianco, sorretti da colonne decorate, insieme alla trabeazione, con mosaici a motivi geometrici.
I due sarcofagi di Enrico VI e Federico II hanno una copertura realizzata con lastre in marmo grigio e porfido, sorretta da sei colonne di porfido, nella trabeazione del baldacchino che copre il sarcofago dell’imperatore sono inserite protomi antropomorfe.
Il sarcofago, che conserva le spoglie di Federico II, è decorato con un’iconografia molto complessa di ascendenza islamica: si notano infatti l’affinità tra i leoni, dipinti sul soffitto della
Cappella Palatina
e quelli, scolpiti, posti a sostegno del sarcofago. Altri riferimenti classici e bizantini, ricorrenti nell’iconografia normanna, sono i clipei sul coperchio con il Pantocrator, la Madonna col Bambino e i Simboli degli Evangelisti. Le iconografie alludono al trionfo del potere imperiale mentre i sostegni di forma leonina ricordano le fiere presenti nell’arme originaria degli Altavilla.
La prima moglie di Federico II,
Costanza d’Aragona
, riposa in un sarcofago, di epoca tardo antica, in marmo bianco, decorato con una concitata scena di caccia, incassato nella parete destra della cappella delle tombe reali. Nel sarcofago, coperto a spioventi, corre la scritta “Sicanie regina fui Constantia coniux augusta hic habito nunc Federice tua”.