L’interno degli spazi dell’area presbiterale e del transetto, corrispondono al volume, così realizzato dal progetto originario ruggeriano. La differenza tra questa parte della fabbrica e l’altra, composta dalle navate, è data dal grande arco trionfale visibile nella sua altezza originaria, dalla parte del transetto, e ridotta da un sottarco dalla parte delle navate. Il fronte del transetto che immette negli spazi absidali, è caratterizzato dalle tipiche colonne sovrapposte collocate in nicchie angolari. Nel catino absidale prende posto il grandioso Cristo Pantocratore, il re dei re, che emerge dal fondo oro. Con il suo maestoso abbraccio e lo sguardo severo ma benevolo, accoglie il fedele mentre nella mano sinistra tiene saldo il Vangelo. Il volume ha una pagina aperta, sia in greco che in latino, che riporta la frase dal Vangelo di Giovanni “Io sono la luce del mondo, chi segue in me non vivrà nelle tenebre ma avrà il lume della vita”.
La chiesa medievale aveva come unico spazio liturgico, l’area dell’abside che, negli edifici religiosi, di minori dimensioni, aveva due piccoli ambienti laterali di servizio, per la custodia dei libri sacri e per la preparazione della liturgia. Nelle chiese di maggiori dimensioni e nelle cattedrali, tali aree vennero ingrandite, come nel caso della Cattedrale di Cefalù, attraverso la realizzazione di due absidi speculari rispetto a quello centrale. Si delinearono, così, nella prassi liturgica, l’abside della Prothesis e quella del Diaconicon. La prima conteneva gli oggetti liturgici destinati al momento dell’offertorio e dell’eucarestia, la seconda, invece, era arredata con armadi che contenevano i paramenti degli officianti e i libri sacri.
L’odore della cera si diffonde nell’area sacra dell’abside. Le candele prendono posto nell’abside centrale, sull’altare, e sono il simbolo della Luce di Dio. Durante il Tempo di Pasqua viene acceso anche il pregiato cero di Pasqua, che rappresenta Gesù Luce del Mondo che risorge e vince le tenebre. Il cero di Cefalù presenta il fusto a colonna, mentre il capitello istoriato è decorato con la raffigurazione di un’aquila e figure umane. La patera, dove poggia il cero, è in pietra di lumachella, proveniente dalla vicina Rocca, e presenta decorazioni con tre sfingi.