Il soffitto, in legno dipinto, è formato da due file di cassoni centrali, con lobi concavi, fiancheggiati da piccoli cassettoni quadrati o stellati; il sistema è realizzato con alveoli e muqarnas, tipici dell’architettura islamica. Si scorge, in particolare, nella navata centrale una decorazione a muqarnas, che costituisce la base geometrica strutturale, poligoni stellati e cupolette, queste ultime realizzate con tavolette sottili; e in quelle laterali lunghi pannelli di travicelli inclinati, che compongono un cassettonato, a fasce alternate piane e concave.
Le maestranze specializzate si distinsero nella lavorazione del legno, dal momento che ogni elemento di varia forma e dimensione, è tagliato, montato e lavorato secondo un preciso ordine e una precisa tecnica che dimostra un’ampia conoscenza delle caratteristiche fisiche e meccaniche dei materiali utilizzati. Sapiente, infatti, è l’incastro degli elementi che definiscono un meccanismo stabile, autoportante e in equilibrio. Il legno usato nel soffitto è quello di abete, di pino nero, di pioppo e faggio. Sembra di poter ancora sentire il profumo dell’abete appena tagliato. Potrebbe trattarsi di una tipologia siciliana: l’ Abies nebrodensis.
Il soffitto della Cappella Palatina si caratterizza per le muqarnas, una decorazione ornamentale tipica dell’architettura islamica e presente maggiormente nelle volte degli edifici. Il gioco di incastri e di volumi crea una suggestiva composizione, che si vorrebbe potere accarezzare per apprezzarne le forme plastiche.