La conoscenza frammentaria dell’edificio si è potuta recuperare solo grazie alle fonti diplomatiche e notarili. A parte il restauro del mosaico sovrastante la fontana, risalente al 1511, il palazzo mantenne la sua struttura fino al primo trentennio del diciassettesimo secolo; solo a partire dal 1635 la Zisa fu soggetta ad un imponente trasformazione, a causa delle gravi condizioni di conservazione e ai necessari lavori per adattarla alle nuove e mutate esigenze abitative della
famiglia Sandoval
proprietaria dell’edificio.
L’unico ambiente rimasto immutato fu la
sala della fontana
, posta al piano terreno del palazzo, la cui salvaguardia si dovette al gusto dell’esotico in voga in tale periodo.
Il resto della fabbrica fu rimaneggiato per adattare gli spazi alle nuove esigenze. Durante tale fase fu trasformato il partito ed architettonico della facciata, dove vennero aperti nuovi vani, in relazione alle distribuzioni interne, venne chiusa l’originaria terrazza d’attico a
solarium
e creato un nuovo scalone che cambiò il sistema originario dei percorsi verticali.
Ulteriori trasformazioni interessarono l’edificio nel XIX secolo a cura dei
Notarbartolo
nuovi possessori del Palazzo.