A seguito dell’edificazione, iniziata intorno al 1140 e ultimata nel 1143, i lavori ripresero tre anni dopo e continuarono negli anni, almeno fino al 1184, quando la chiesa fu dotata di un atrio a forma di trapezio scoperto e porticato, che accoglieva il fedele, di un
nartece
e di un campanile esterno in asse con l’
abside
centrale della chiesa.Il nartece, in particolare, andato completamente distrutto, aveva una pianta rettangolare ed era addossato alla parete ovest della chiesa e racchiuso entro due mura lungo i lati nord e sud.
Nel nartece erano collocati i due mosaici, poi spostati nel XVI secolo, con la dedica di Giorgio di Antiochia e di Ruggero incoronato da Cristo. Durante questi decenni, nelle varie fasi di costruzione, lavorarono numerose maestranze, sia locali, sia provenienti dall’Oriente.
L’impianto originale della chiesa di Santa Maria dell’Ammiraglio, la cui struttura è realizzata con pietra squadrata, dalla volumetria semplice e compatta, tipicamente bizantina, aveva una
pianta a croce greca
triabsidata, inscritta in un quadrato e orientata con l’abside verso la luce, quindi a Est, e la facciata a Ovest.Al centro della chiesa, le cui dimensioni erano 12,5 x 12,5 metri, si erge, ancora oggi, la cupola, di tipo bizantino ortodosso di ascendenza siriana, su un alto tamburo ottagonale, con nicchie angolari cilindriche, impreziosite da ghiere concentriche. Grazie alla cupola la chiesa raggiunge un’altezza complessiva di 15,5 metri.
La parte esterna, anche se oggi, si caratterizza per l’appariscente facciata barocca, corrispondente al lato nord della chiesa, presentava un’altra struttura, negli anni cancellata dai numerosi rifacimenti e restauri. Per adeguare la chiesa, alle esigenze del rito latino, anche l’interno fu modificato: la pianta venne allungata, creando le classiche tre navate e, lo spazio antistante venne coperto e inglobato nell’edificio. Durante questi lavori, alla fine del 1600, l’abside centrale, uniforme ai due laterali, fu sostituito con un cappellone quadrato.Al XIX secolo, si datano i lavori di restauro di Giuseppe Patricolo , che hanno liberato la chiesa da alcune aggiunte non congrue.