L’interno degli spazi dell’area presbiterale e del transetto, corrispondono al volume, così realizzato dal progetto originario ruggeriano. La differenza tra questa parte della fabbrica e l’altra, composta dalle navate, è data dal grande arco trionfale visibile nella sua altezza originaria, dalla parte del transetto, e ridotta da un sottarco dalla parte delle navate. Il fronte del transetto che immette negli spazi absidali, è caratterizzato dalle tipiche colonne sovrapposte collocate in nicchie angolari. Nel catino absidale prende posto il grandioso Cristo Pantocratore, il re dei re, che emerge dal fondo oro. Con il suo maestoso abbraccio e lo sguardo severo ma benevolo, accoglie il fedele mentre nella mano sinistra tiene saldo il Vangelo. Il volume ha una pagina aperta, sia in greco che in latino, che riporta la frase dal Vangelo di Giovanni “Io sono la luce del mondo, chi segue in me non vivrà nelle tenebre ma avrà il lume della vita”.
