La cattedrale presenta una forma rettangolare ed è suddivisa in tre aree chiamate “navate“.
La parte centrale, coperta da un tetto in legno, è chiamata navata maggiore; mentre i corridoi laterali, più piccoli, costituiscono le navate minori.
Lungo la navata sinistra sono ancora visibili parti delle colonne dell’antico tempio greco di Atena.La navata destra è invece caratterizzata da molte cappelle, piccole stanze decorate con marmi preziosi e stucchi barocchi siciliani. La più importante è la cappella di santa Lucia, in cui è custodita la statua d’argento della santa protettrice di Siracusa,
festeggiata il 13 dicembre
. In fondo alla navata centrale, dietro a un altare barocco, c’è un importante quadro che rappresenta la nascita di Maria Vergine.