La storia di Pantalica è una narrazione misteriosa profondamente legata ad un paesaggio molto caratterizzato, uno dei massimi sistemi difensivi naturali della storia.
Le tracce dell’abitato preistorico scomparirono in maniera drastica attorno all’VIII secolo a.C., forse a causa di una guerra determinata dalla fondazione di Siracusa e da una conseguente espansione verso il territorio interno. Il sito fu rioccupato e riutilizzato nel periodo compreso tra l’età bizantina e l’espansione islamica verso occidente. I villaggi con le chiesette rupestri e il nome stesso di Pantalica si riconducono a questa epoca, caratterizzata dal recupero sistematico, a fini abitativi, di molti degli ambienti funerari scavati nella roccia in fase protostorica.
Il primo villaggio si trovava a ridosso della necròpoli Cavetta e contava circa settanta abitazioni, attorno all’oratorio del Crocifisso, che presenta oggi resti di affreschi raffiguranti la crocifissione e San Nicola. Il secondo villaggio nasceva nelle balze al di sotto dell’Anaktoron, nella necròpoli Sud, e vedeva come centro religioso l’oratorio di San Nicolicchio, decorato da affreschi e scritte di cui sono visibili oggi solo alcuni frammenti delle figure di Sant’Elena e Santo Stefano.
Il più grande di questi villaggi si trovava fra la necròpoli Sud e la sella di Filiporto ed era composto da più di 150 abitazioni e da una chiesetta intitolata a
San Micidiario
, dove è ancora possibile ammirare, dietro la nicchia centrale, un affresco raffigurante il Cristo Pantocratore.