L’interno della chiesa di San Giuseppe è un unico grande ambiente a pianta ovale, una pianta che con ogni probabilità Fra Alberto Maria di San Giovanni Battista recupera dalla chiesa di Santa Chiara a Noto. Il frate architetto fece realizzare due ingressi, uno da piazza Pola e l’altro direttamente dal convento per facilitare l’accesso alle monache.Entrati nella chiesa si è sorpresi e sopraffatti dall’altissimo soffitto, un effetto ottenuto grazie all’imponente cupola e alle quattro finestre che illuminano e riempiono lo spazio di luce.
Per quanto riguarda le pareti, esse furono lasciate bianche con qualche decorazione a
stucco
dorata. Questo pallore però, viene, subito interrotto da
quattro altari
colorati posizionati lungo le pareti, dalla tela dell’altare maggiore e dall’affresco della volta.